Отдел охраны природных экосистем осуществляет патрулирование территории парка в целях предупреждения выявления и пресечения нарушений режима охраны природного парка. Осуществляет охрану территории парка в целях сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии исторически сложившихся природных комплексов, ландшафтов и экосистем. Принимает меры по ликвидации возникающих пожаров на территории парка. Проводит разъяснительную работу среди населения по профилактике нарушений и правилам пожарной безопасности. Проводит натурное техническое обследование участков. Проводит зимний маршрутный учет, осуществляет контроль за динамикой плотности птиц и за состоянием млекопитающих,  за редкими и краснокнижными видами растений и животных, устанавливает и выявляет места их обитания.

Территория природного парка (S — 6 621 га) разбита на 6 инспекторских участков: (4 участка — в урочище «Городские леса», 1 — в урочище «Шапшинское», 1 — в урочище «Ocтpoвa»). Сотрудники отдела охраны природных экосистем регулярно проводят  проверки соблюдения природоохранного законодательства на всей территории парка.

Мероприятия по предупреждению лесных пожаров
В пожароопасный период  времени создаются мобильные группы из числа сотрудников природного парка,  МКУ «Управление ГО, ЧС и ОПБ г. Ханты — Мансийска»,  ОГПН  по Ханты-Мансийску и Ханты — Мансийском  району. Инспектора  патрулируют леса с целью выявления нарушителей и проведения профилактических бесед.